Tarkvara üheks kasutuselevõtu kriteeriumiks on ühilduvus ülejäänud organisatsiooni infosüsteemidega. Webdesktopi on lihtne panna koos töötama olemasoleva AD või LDAP serveriga, lisaks on olemas süsteemi liidestamisvõimalused SOAP või XML-RPC kihi, andmebaasikihi või API kihi kaudu. Kui esimesed kolm võimaldavad Webdesktopi liidestada teiste infosüsteemidega, siis API liides võimaldab juba rakenduse kihis täienduste tegemist. API liides on disainitud viisil, mis ei sea tarkvara laiendusi sõltuvusse standardversioonist.
API liides on dokumenteeritud inglise keeles ja sisaldab ka funktsioonide näiteid. Hinnanguliselt 40% Webdesktop installatsioonidest on integreeritud või täiendatud lähtuvalt kasutaja soovidest.
Webdesktop baasil on loodud Riigikogu uus eelnõude menetlemise süsteem EMS, Eesti koolide infosüsteem EKIS, Keskkonnalubade infosüsteem KLIS2, tööprotsesside juhtimise süsteem OÜ-le VKG Elektrivõrgud (endine Narva Elektrivõrgud), finantsdokumentide menetlemise süsteeem ISS Haldusele, Tööinspektsiooni infosüsteem jne.
